Poziția sa geografică a însemnat că, în secolul al IV-lea î.Hr., o colonie de fenicieni s-a stabilit acolo, devenind un important punct comercial bazat pe schimbul de produse agricole și pește. Între secolele al II-lea și al VIII-lea î.Hr., numit Civitas Ossobonensis, a rămas sub dominație romană și s-a dezvoltat din punct de vedere industrial.
Când a fost cucerit de mauri în 713, Ukxûnuba (transcrierea arabă a numelui său latin Ossonoba), și-a prelungit statutul de oraș port de importanță regională relevantă, rivalizat doar de Silves. Configurația urbană actuală a orașului încă ne permite să vedem zidurile de perimetru care îl protejau, ideea originală aparținând lui Ben Bekr, un prinț musulman al secolului al IX-lea, nucleul cunoscut în prezent ca Vila-Adentro.
Poarta Arabă (Porta Árabe) datează, de asemenea, din timpurile islamice, fiind intrarea în oraș pentru cei care soseau pe mare. Este considerată un exemplu unic de arhitectură arabă în Portugalia, dată fiind buna stare de conservare și faptul că încă se află în locația sa originală, și că încă putem vedea în interiorul Arcului Vilei (Arco da Vila).
Vila-Adentro a fost cucerită definitiv de creștini în 1249, în timpul domniei regelui Afonso al III-lea al Portugaliei. Atunci a fost construită Catedrala See pe locul vechii Moschei și zidurile au fost întărite, semne ale noului domeniu.
Faro a rămas timp de secole ca un important centru comercial în Algarve și în 1540 a fost ridicat la statutul de oraș, devenind astfel sediul unei eparhii, până atunci în Silves. Majoritatea monumentelor religioase, reflectând de asemenea bogăția sa economică, datează din această perioadă, cum este cazul Bisericii Misericórdia (Igreja da Misericórdia), Mănăstirile Sfântul Francisc (Convento de São Francisco), Adormirea Maicii Domnului (Convento de Nossa Senhora da Assunção) (adaptată pentru a deveni Muzeul Arheologic Infante D. Henrique), Santiago Maior și Sfântul Anton al Capucinilor (Convento de Santo António dos Capuchos).
În secolul al XIX-lea, Faro, care a avut o reorganizare administrativă centralizând puterile regionale, a devenit unul dintre cele mai importante orașe din Algarve. Nobilimea și burghezia și-au construit casele palatiale, precum și reședințele secundare din împrejurimi, dintre care se remarcă impresionantul Palat Estoi (Palácio de Estoi).
La periferia orașului, pe lângă patrimoniul arhitectural deja menționat, merită subliniată frumusețea Parcului Natural Ria Formosa (Parque Natural da Ria Formosa).
