Locul pe care se află Beja modernă a fost ocupat încă de la începutul istoriei moderne. Cu toate acestea, Imperiul Roman a contribuit cel mai mult la dezvoltarea sa timpurie. Aici, în anul 1 î.Hr., împăratul Iulius Cezar a semnat un tratat de pace cu triburile lusitane care guvernaseră anterior aceste terenuri. De atunci, așezarea a fost numită Pax Julia, devenind capitala regională legală și administrativă.
Beja modernă păstrează caracteristici ale acelor vremuri romane, inclusiv planul său, în timp ce porțile Évora și Mértola sunt situate pe locul porților din zidurile romane originale. Nivelul dezvoltării economice poate fi văzut în gama și amploarea pieselor arheologice care au fost excavate. Multe pot fi văzute la Muzeul Regional Rainha D. Leonor. Exact lângă Beja, se află Orașul Roman Pisões, cu exponate care descriu modul în care o familie romană din acea perioadă ar fi trăit de fapt.
În secolul al VI-lea, vizigoții au cucerit teritoriul și ar rămâne până în secolul al VIII-lea, când au fost învinși de mauri în timp ce invadau sudul Peninsulei Iberice. O vizită la Expoziția Vizigotă din Muzeul Regional, situată în Biserica Santo Amaro (Sfântul Amaro), este foarte recomandată ca mijloc de a afla mai multe despre cultura vizigotă într-un oraș pe care l-au făcut centrul lor religios.
În secolul al XII-lea și Reconquista creștină, Beja a experimentat vremuri tulburi. Cucerită prima dată de forțele creștine în 1162, a fost apoi supusă diferitelor contraatacuri ale maurilor, cu pace stabilită definitiv sub regele Afonso III în 1253. Acesta a reconstruit orașul, acordându-i o cartă regală (1254) și restabilind importanța sa economică. La sfârșitul secolului, regele Dinis a ordonat construirea Castelului, cu Torre de Menagem (donjonul) devenind punctul de reper al orașului.
Beja s-a bucurat de perioade de prosperitate pe parcursul secolului al XV-lea, când regele Afonso V a stabilit Ducatul de Beja, acordând titlul fratelui său, Prințul Fernando. Regele João II a acordat ducatul vărului său, viitorul rege Manuel I. De atunci, ducatul ar deveni întotdeauna posesiunea celui de-al doilea fiu al regelui. Acest patronaj regal a luat o dimensiune fizică în anumite monumente. Printre cele care merită o vizită se numără Conventul Nossa Senhora da Conceição (Fecioara Maria a Concepției), Biserica Misericórdia (Compasiune), Conventul São Francisco (Sfântul Francisc), acum o Pousada (Hotel Manor), Biserica Santiago și Biserica Pé da Cruz (Adorarea Crucii).
Pentru a ajuta la explorarea orașului Beja, Biroul local de Turism a organizat "Sunetele Timpului", un tur ghidat al orașului în propriul ritm prin utilizarea căștilor. Momentul ideal pentru o vizită este luna martie, când are loc târgul agricol Ovibeja, un bun pretext pentru a cunoaște cultura, istoria și economia regiunii.
